Alexander Kirschner

2022

Faecal pollution as potential driver of antibiotic resistance genes in the Danube River

Schachner, I., Kolm, C., Vierheilig, J., Savio, D., Zarfel, G., Koller, M., Kittinger, C., Jakwerth, S., Linke, R. B., Kolarević, S., Kračun-Kolarević, M., Toth, E., Farnleitner, A. & Kirschner, A. K. T., 2022, Electronic Abstract Book - FEMS Conference on Microbiology. 2 S.

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2021

High persistence of genetic and cultivation-based bacterial fecal indicators in communal waste water at 5°C supports proportional autosampling procedures over 24h

Mayer, R., Linke, R., Vierheilig, J., Reischer, G., Mach, R. L., Kirschner, A. K. T., Zessner, M., Farnleitner, A. H. & Sommer, R., 2021, Abstracts.

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Modelling the fate and transport of microbial pathogens during floods and rainfall events in an alluvial wetland area supported by microbial source tracking

Derx, J., Linke, R., Demeter, K., Komma, J., Cervero-Aragó, S., Schijven, J., Sommer, R., Walochnik, J., Kirschner, A., Blaschke, A. P. & Farnleitner, A. H., 2021, EGU General Assembly 2021. Copernicus

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Open Access

2020

Identifying faecal pollution sources in urban surface water resources to support water safety management

Kilic, H. S., Cervero-Aragó, S., Frick, C., Linke, R., Schijven, J., Kirschner, A., Lindner, G., Walochnik, J., Sommer, R., Blaschke, A. P., Farnleitner, A. H. & Derx, J., 2020, First International Conference on Urban Water Interfaces (UWI).

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2019

Combining flow cytometric and taxonomic analysis of bacterial community dynamics to study the biostability of drinking water resources -Part 1: Flow cytometric determination of microbial cell numbers

Vierheilig, J., Savio, D. F., Jakwerth, S., Karl, M., Goll, T., Fiedler, F., Brandl, H., Kandler, W., Sommer, R., Farnleitner, A. H. & Kirschner, A. K. T., 2019, Abstractbook.

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Combining flow cytometric and taxonomic analysis of bacterial community dynamics to study the biostability of drinking water resources -Part 2: High throughput 16S rRNA gene amplicon sequencing

Savio, D. F., Vierheilig, J., Karl, M., Houdek, J., Jakwerth, S., Fiedler, F., Goll, T., Brandl, H., Kandler, W., Sommer, R., Kirschner, A. K. T. & Farnleitner, A. H., 2019, Abstractbook.

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Effect of climatic and demographic changes and the upgrading ofwastewater infrastructure on the bacterial faecal pollution of a large river and on the associated health risks

Demeter, K., Derx, J., Schijven, J. F., Sommer, R., Cervero-Arago, S., Lindner, G., Zoufal-Hruza, C. M., Linke, R., Savio, D. F., Ixenmaier, S., Kirschner, A. K. T., Tomenendal, A., Blaschke, A. P. & Farnleitner, A. H., 2019, Abstractbook.

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Highthroughput 16S rRNA gene amplicon sequencing for the characterisation of the drinking water microbiome from an alpine karst spring

Savio, D. F., Karl, M., Stadler, P., Reischer, G., Demeter, K., Linke, R., Blaschke, A. P., Mach, R. L., Kirschner, A. K. T., Stadler, H. & Farnleitner, A. H., 2019, Abstractbook.

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How do future changes in climate, population and investments in wastewater management affect the microbial drinking water safety requirements of large river catchments?

Derx, J., Demeter, K., Schijven, J. F., Sommer, R., Cervero-Arago, S., Lindner, G., Zoufal-Hruza, C. M., Linke, R., Savio, D. F., Ixenmaier, S., Kirschner, A. K. T., Kromp, H., Blaschke, A. P. & Farnleitner, A. H., 2019, Abstractbook.

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Poikilothermic animals as a previously unrecognized source of fecal indicator bacteria

Frick, C., Vierheilig, J., Zornig, H., Antensteiner, R., Baumgartner, C., Bucher, C., Blaschke, A. P., Derx, J., Kirschner, A. K. T., Ryzinska-Paier, G., Mayer, R., Seidl, D., Nadiotis-Tsaka, T., Sommer, R. & Farnleitner, A. H., 2019, Abstractbook.

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Quantification and prediction of Vibrio cholerae non01/non0139 in bathing waters

Rehm, C., Vierheilig, J., Kolm, C., Jakwerth, S., Hein, T., Farnleitner, A. H., Reischer, G. & Kirschner, A. K. T., 2019, Abstractbook.

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Sources, Transport Paths and Infection Risks during the use of Urban Surface Waters for Recreational Activities

Kilic, H. S., Cervero-Arago, S., Frick, C., Linke, R., Schijven, J. F., Kirschner, A. K. T., Lindner, G., Walochnik, J., Sommer, R., Blaschke, A. P., Farnleitner, A. H. & Derx, J., 2019, Abstractbook.

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Source tracking of microbial faecal pollution along a 2600 km stretch of the River Danube

Kirschner, A. K. T., Reischer, G., Jakwerth, S., Savio, D. F., Ixenmaier, S., Toth, E., Sommer, R., Mach, R. L., Linke, R., Eiler, A., Kolarevic, S. & Farnleitner, A. H., 2019, Abstractbook.

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2018

A field-deployable concept for the rapid molecular detection of fecal contamination in water

Martzy, R., Kolm, C., Mach, R. L., Krska, R., Jakwerth, S., Kirschner, A. K. T., Sommer, R., Farnleitner, A. H. & Reischer, G., 2018, Abstacts.

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Cell-based detection of abundant faecal indicator bacteria in water

Horejs, J., Jakwerth, S., Sommer, R., Farnleitner, A. H. & Kirschner, A. K. T., 2018, Abstracts. 2 S.

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Comparative analysis of state-of-the-art mitochondrial and bacterial quantitative PCR assays for microbial faecal source tracking in drinking water resources

Karl, M., Linke, R., Ixenmaier, S., Mayer, R., Sommer, R., Kirschner, A. K. T., Farnleitner, A. H. & Savio, D. F., 2018, Abstracts.

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Cultivation-independent diagnostics of microbial contamination of explanted knee and hip prostheses from sonication fluids

Glassner, T., Linke, R., Farnleitner, A. H., Waldhör, K., Halabi, M. & Kirschner, A. K. T., 2018, Abstracts. 2 S.

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Elucidating the extent and sources of faecal pollution along the whole Danube River: when Robert Koch meets Kary Mullis

Farnleitner, A. H., Savio, D. F., Jakwerth, S., Ixenmaier, S., Toth, E., Sommer, R., Linke, R., Mach, R. L., Kolarevic, S., Reischer, G. & Kirschner, A. K. T., 2018, Abstracts.

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Spatiotemporal variability of groundwater bacterial biomass and activity in a highly dynamic riverbank filtration system used for drinking water abstraction

Kirschner, A. K. T., van Driezum, I. H., Jakwerth, S., Lindner, G., Farnleitner, A. H., Sommer, R. & Blaschke, A. P., 2018, Abstracts. 2 S.

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Vermehrungspotenzial - Trinkwasser: Standardisierung und Qualitätssicherung

Lindner, G., Gemeiner, E., Knetsch, S., Lettl, A., Holzhammer, E., Kirschner, A. K. T., Farnleitner, A. H. & Sommer, R., 2018, Abstracts.

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2017

Human-Associated Bacteroidetes MST Markers in Communal and Domestic Wastewater and Comparison to Standard/Alternative Indicators of Faecal Pollution

Mayer, R., Lukas, E., Bofill-Mas, S., Reischer, G., Schade, M., Fernandez-Cassi, X., Kirschner, A. K. T., Girones, R., Zessner, M., Sommer, R. & Farnleitner, A. H., 2017, Water Microbiology 2017.

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Linking Fecal Indicators, Microbial Source Tracking Markers and Pathogens to Characterize an Urban Stretch of the Danube River at Vienna as a Water Resource

Demeter, K., Linke, R., Ixenmaier, S., Mayer, R., Sommer, R., Lindner, G., Kirschner, A. K. T., Zoufal-Hruza, C. M., Frick, C., Derx, J., Blaschke, A. P. & Farnleitner, A. H., 2017, Water Microbiology 2017.

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Modelling the fate of organic micropollutants during bank filtration along a large and highly dynamic river

van Driezum, I. H., Derx, J., Oudega, T., Saracevic, E., Kirschner, A., Sommer, R., Farnleitner, A. H. & Blaschke, A. P., 2017, Conference Proceeding.

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Poikilothermic Animals as a Previously Unrecognized Source of Fecal Indicator Bacteria

Demeter, K., Vierheilig, J., Baumgartner, C., Bucher, C., Blaschke, A. P., Derx, J., Kirschner, A., Ryzinska-Paier, G., Mayer, R., Sommer, R., Farnleitner, A. H. & Frick, C., 2017, International Symposium on Health-Related Water Microbiology 2017 Abstract Book .

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Removal of microbial pathogens in a sandy gravel aquifer under forced-gradient subsurface flow conditions

Oudega, T., Derx, J., van Driezum, I. H., Sommer, R., Kirschner, A., Farnleitner, A. H. & Blaschke, A. P., 2017, EGU General Assembly 2017. Copernicus Publications

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The QMRAcatch Modelling Approach: Using Best Available Pathogen, Indicator and Source Tracking Data to Support Catchment Protection & Water Safety Management

Derx, J., Schijven, J. F., Sommer, R., Zoufal-Hruza, C. M., Reischer, G., Kirschner, A. K. T., Frick, C., Blaschke, A. P. & Farnleitner, A. H., 2017, Water Microbiology 2017.

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2016

Antibiotic susceptibility of Escherichia coli isolated of the whole course of the River Danube

Zarfel, G., Lipp, M., Baumert, R., Folli, B., Galler, H., Grisold, A., Farnleitner, A. H., Luxner, J., Weissenbacher, M., Kirschner, A. K. T. & Kittinger, C., 2016, Abstracts. 2 S.

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Bestimmung und Anwendungspotenziale des Parameters "bakterielle Zellzahlen" für Grund- und Trinkwasser

Kirschner, A. K. T., Farnleitner, A. H., Blaschke, A. P. & Sommer, R., 2016, Abstracts. 2 S.

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Elucidating the sources of faecal pollution in an alluvial water resource by a multi-parametric microbial source tracking approach

Frick, C., Vierheilig, J., Nadiotis-Tsaka, T., Kirschner, A. K. T., Ixenmaier, S., Blaschke, A. P., Reischer, G., Derx, J., Sommer, R. & Farnleitner, A. H., 2016, Abstracts.

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Evaluating the applicability of metagenemies for the monitaring of microbiological water quality in natural water resources

Savio, D. F., Reischer, G., Sinclair, L., Parajka, J. D., Stadler, P., Blaschke, A. P., Mach, R. L., Kirschner, A. K. T., Blöschl, G., Eiler, A. & Farnleitner, A. H., 2016, Abstracts. 2 S.

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High micro-diversity of Vibrio cholerae in Iake Neusiedler See is associated with intensive genetic recombination in the reed habitat and the long-distance transfer of strains

Kirschner, A. K. T., Pretzer, C., Huhulescu, S., Farnleitner, A. H. & Druzhinina, I., 2016, Abstracts.

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High micro-diversity of Vibrio cholerae in the Central European lake Neusiedler See is associated with intensive genetic recombination in the reed habitat and the longdistance transfer of strains

Kirschner, A. K. T., Pretzer, C., Amaro, C., Benediktsdottir, E., Heldenström, I., Hervio-Heath, D., Huhulescu, S., Schets, F., Farnleitner, A. H. & Druzhinina, I., 2016, Abstracts.

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Integrated strategy to guide microbial quality management at alpine karst water resources: Part II - Towards fecal hazard characterization and risk management

Farnleitner, A. H., Sommer, R., Reischer, G., Kirschner, A. K. T., Zerobin, W. & Stadler, H., 2016, Karst Groundwater Contamination and Public Health.

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QMRAcatch - faecal microbial quality of water resources in a river-floodplain area affected by urban sources and recreational visitors

Derx, J., Schijven, J., Sommer, R., Kirschner, A., Farnleitner, A. H. & Blaschke, A. P., 2016, EGU General Assembly 2016. Copernicus Publications

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2015

A Combined Approach to Measure Micropollutant Behaviour during Riverbank Filtration

van Driezum, I. H., Naus, F. L., Saracevic, E., Derx, J., Kirschner, A., Sommer, R., Farnleitner, A. H. & Blaschke, A. P., 2015, Proceedings of the 9th IWA Specialist Conference on Assessment and Control of Micropollutants and Hazardous Substances in Water.

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Elucidating internal and external sources of faecal pollution in an alluvial water resource by multi-parametric MST approach

Frick, C., Vierheilig, J., Nadiotis-Tsaka, T., Kirschner, A. K. T., Ixenmaier, S., Blaschke, A. P., Reischer, G., Derx, J., Sommer, R. & Farnleitner, A. H., 2015, Proceedings . 3 S.

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Finding an optimal strategy for measuring the quality of groundwater as a source for drinking water

van Driezum, I. H., Saracevic, E., Scheibz, J., Zessner, M., Kirschner, A., Sommer, R., Farnleitner, A. H. & Blaschke, A. P., 2015, EGU General Assembly 2015. Copernicus Publishing

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Meta-genomics for water resources monitoring: Bacterial 16S RRNA gene communities along 2600 km of the Danube river

Savio, D. F., Reischer, G., Sinclair, L., Parajka, J. D., Stadler, P., Blaschke, A. P., Mach, R. L., Kirschner, A. K. T., Blöschl, G., Eiler, A. & Farnleitner, A. H., 2015, Proceedings. 2 S.

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QMRA_Catch: Simulating human-associated faecal pollution in a river-floodplain area by using bacterial standard indicators, genetic MST makers and enteric pathogens

Derx, J., Schijven, J. F., Sommer, R., Zoufal-Hruza, C. M., Reischer, G., Kirschner, A. K. T., Frick, C., Farnleitner, A. H. & Blaschke, A. P., 2015, Proceedings. 3 S.

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Quantification of environmental Vibrio cholerae with culture-independent methods: a way to a better understanding of the ecology and potential health threat of this organism

Kirschner, A. K. T., Schauer, S., Jakwerth, S., Bliem, R., Farnleitner, A. H. & Sommer, R., 2015, Proceedings. 2 S.

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2014

Assessment of environmental Vibrio cholerae microdiversity via multilocus-sequence analysis

Kirschner, A. K. T., Pretzer, C., Farnleitner, A. H. & Druzhinina, I., 2014, www.efdelegates.ed.ac.uk.

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Comparative analyses of the genetic bacterial population structures in intestinal and non-intestinal habitats using an innovative multi-compartment approach

Vierheilig, J., Reischer, G., Frick, C., Sommer, R., Blaschke, A. P., Derx, J., Kirschner, A. K. T., Muniesa, M., Mach, R. L. & Farnleitner, A. H., 2014, Proceedings. 2 S.

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Integration of internal amplification control in quantitative PCR methods for microbial faecal source tracking

Schnitzer, G., Kirschner, A. K. T., Mach, R. L., Farnleitner, A. H. & Reischer, G., 2014, Abstracts.

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Longitudinal patterns of bacterial diversity along a 2,600 km long river transect follow predictions from the river continuum concept

Savio, D., Sinclair, L., Reischer, G., Blaschke, A. P., Kirschner, A. K. T., Blöschl, G., Farnleitner, A. H. & Eiler, A., 2014, Proceedings.

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Microbial water quality management at all time scales: from molecuar source tracking to near real-time water abstraction at alpine karst water resources

Farnleitner, A. H., Reischer, G., Savio, D., Mach, R. L., Stadler, P., Kirschner, A. K. T., Stadler, H., Blaschke, A. P., Sommer, R. & Zerobin, W., 2014, Abstracts. 2 S.

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Solid-phase cytometry for quantification of environmental Vibrio cholerae on a large scale

Kirschner, A. K. T., Schauer, S., Jakwerth, S., Bliem, R., Farnleitner, A. H. & Sommer, R., 2014, Abstracts. 2 S.

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The JOINT DANUBE SURVEY 2013 - An overview of the microbiological program and a first glance at the patterns of faecal pollution, ecotoxicological status and antibiotic resistance

Kittinger, C., Reischer, G., Jakwerth, S., Kolarevic, S., Baumert, R., Folli, B., Lipp, M., Zarfel, G., Galler, H., Grisold, A., Savio, D., Schnitzer, G., Sommer, R., Farnleitner, A. H. & Kirschner, A. K. T., 2014, Abstracts.

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